Whanganui fica na enseada de Taranaki Sul, perto da foz do rio Whanganui. Fica a 200 quilômetros (120 milhas) ao norte de Wellington e 75 quilômetros (47 milhas) a noroeste de Palmerston North, na junção das rodovias estaduais 3 e 4. A maior parte da cidade fica na margem noroeste do rio, devido à maior extensão de planície. O rio é atravessado por quatro pontes: Cobham Bridge, City Bridge, Dublin Street Bridge e Aramoho Railway Bridge (ferroviários e pedestres apenas).
Tanto o Monte Ruapehu quanto o Monte Taranaki podem ser vistos do Monte Durie e de outros pontos de observação ao redor da cidade.